Чтобы заставить дружить Docker Version: 1.12.1 c ufw на убунте 16.04, создаём (или открываем, если уже есть) файл /etc/docker/daemon.json и добавляем туда следующее:

{
    "iptables": false
}

Делаем рестарт докера и всё работает.

UPD: на самом деле отхватим потом при таком подходе к решению, так что это только на крайний случай.